La saison 1 de Naruto prend fin après l’échec de la mission de l’équipe formée par Shikamaru (Dans le manga). Naruto après sa cuisante défaite contre Sasuke se réveille à l’hôpital Konoha, bandé des pied à la tête tel une momie, tous ses coéquipiers sauf Shikamaru Nara, dans un état critique. Malgré ses regrets et son cœur blessé, Naruto est déterminé à tenir sa promesse faite à Sakura et ramener Sasuke à konoha. Jiraya, lui propose de quitter Konoha pour un entraînement intensif de deux longues années pour perfectionner ses techniques.

